Республиканская ветеринарная станция по борьбе с болезнями животных была создана в результате реорганизации республиканской ветеринарной поликлиники, расположенной на улице Цюрупы (на месте нынешнего Центрального рынка). Директором поликлиники был Еникеев Равиль Хисматуллович. В поликлинике принимали и лечили животных индивидуальных хозяйств. Там постоянно проводились практические занятия для студентов ветеринарного факультета Башкирского сельскохозяйственного института.

В 1963 году учреждение преобразовано в Башкирскую республиканскую ветеринарно-санитарную станцию, которую возглавил Семилетов Василий Савельевич. В 1969 году при республиканской ветеринарно-санитарной станции был организован хозрасчетный ветеринарно-санитарный отряд со штатом 33 единицы. Начальником назначен Кацин Андрей Алексеевич.

В 1967 году на базе Республиканской ветеринарно-санитарной станции организован производственный отдел.

В 1970 году Башкирскую республиканскую ветеринарно-санитарную станцию возглавил Жоголев Александр Петрович. Станция занималась приемом и лечением животных, с редкими выездами специалистов в районы по случаям эпизоотий. В том же году, в целях усиления мероприятий по ликвидации и профилактике стригущего лишая крупного рогатого скота на станции было организовано производство препарата ТФ-130.

В 1971 году на базе производственного отдела ветстанции организована Башкирская Республиканская производственная ветеринарная лаборатория, которая в дальнейшем была выведена из состава ветстанции.

В октябре 1972 года начальником республиканской ветеринарно-санитарной станции был назначен Мамлеев Назиб Шарафутдинович.

В 1973 году учреждение приказом Минсельхоза РСФСР преобразовано в Республиканскую ветеринарную станцию с отделами:

• ветеринарной санитарии;

• воспроизводства животных и профилактики болезней молодняка;

• пропаганды и внедрения достижений науки и передового опыта;

• профилактики незаразных болезней животных.

Функции по обслуживанию скота индивидуальных хозяйств полностью были переданы вновь организованной городской ветеринарной станции.

Специалистами станции проводилась большая работа по совершенствованию проектирования и строительства животноводческих объектов, приведения их в соответствие физиологическим требованиям животных, микроклимату.

С 1986 по 1989 годы Республиканской ветеринарной станцией руководил опытный организатор Ибрагимов Ханиф Мансурович.

Специалисты отделов организовывали и проводили ветеринарно-профилактические мероприятия во всех районах республики, оказывали организационно-методическую помощь специалистам районных ветслужб.

В 1989 году деятельность Республиканской ветеринарной станции была прекращена.

В январе 2011 года Распоряжением Правительства республики Башкортостан создано Государственное бюджетное учреждение Башкирская республиканская ветеринарная станция со штатом 22 человека и 4 отделами:

• отдел по инфекционным, инвазионным болезням и организации противоэпизоотических мероприятий;

• отдел незаразных болезней, зоогигиены и ветсанитарии;

• дезинфекционный отряд;

• отдел бухгалтерского учета.

Первым начальником Башкирской республиканской ветеринарной станции назначен кандидат биологических наук Владик Равилович Хаерзаманов.

С октября 2016 года ветстанцией руководит доктор биологических наук Белов Андрей Евгеньевич.

Государственное бюджетное учреждение  Башкирская республиканская ветеринарная станция